Instytut Technologii Mikrobiologicznych prowadzi kolekcję szczepów wzorcowych, zgodnych z międzynarodowymi klasyfikacjami WDCM (World Data Centre For Microorganisms) i ATTC (American Type Culture Collection), jak i drobnoustrojów izolowanych ze środowiska – promujących wzrost roślin lub potencjalnie probiotycznych, o wysokim potencjale biotechnologicznym. Szczepy te podlegają testom w różnorodnych eksperymentach przez co oceniane są możliwości ich zastosowania w różnych obszarach.  Kolekcja liczy obecnie przeszło 500 różnych szczepów bakterii, drożdży i pleśni.

Bank szczepów prowadzony przez Instytut umożliwia przeprowadzanie dla klientów rozległych tematycznie prac badawczych dotyczących mikroorganizmów, jak i ich zastosowania w różnych gałęziach przemysłu. Utrzymywane w kolekcji drobnoustroje służą również do kontroli jakościowych w obrębie laboratorium w celu zapewnia wysokiej jakości usług laboratoryjnych zgodnie z wymaganiami normy PN-EN ISO/IEC 17025:2005.